داستان موسسه باختر با گردهمایی مقدماتی سه دوست در قهوه خانه ای در شهر برلین آغاز شد. در آن ملاقات این سه دوست پیشینه، علایق و نظرات خود را با یکدیگر به اشتراک گذاشتند. زمان بسیار مهم بود چون تنها چند هفته از سقوط افغانستان و کنترل طالبان بر این جغرافیا در ماه آگوست 2021 گذشته بود. بنابراین، از میان موضوعات زیادی که دوستان در مورد آنها بحث کردند، و با وجود داشتن پیشینه فردی متفاوت، واضح شد که افغانستان و دیاسپورای ( جامعه دور از وطن) افغان در آلمان دو موضوع مهم و مورد علاقه همه می باشد.همزمان هر سه دوست این احساس را داشتند که موجودیت یک سازمان تحقیقاتی حرفه‌ای متعلق به افرادی با پیشینه کار در افغانستان و متمرکز بر تحقیقات، آموزش و دادخواهی مسائل مربوط به افغانستان و مهاجران افغان در خارج از کشور- به ویژه کسانی که در آلمان زندگی می‌کنند – نیازی مبرم است. بنابراین آنچه که قرار بود تنها یک گفتگوی مقدماتی بین سه دوست باشد، با تصمیم به تأسیس سازمانی که اکنون موسسه باختر نامیده میشود به پایان رسید.
طی هفته‌ها و ماه‌های بعدی و با ادامه بحث‌ها و جلسات، تلاش برای جذب دوستان دیگری با همان علایق و دغدغه ها افرایش یافت. برخی از این ایده استقبال کردند اما تصمیم گرفتند تا به آن نپیوندند؛ برخی به دلیل داشتن اولویت های دیگر از پیوستن به این روند معذرت خواستند؛ و عده ای دیگر از این دعوت استقبال کردند و با این باور که آنها نیز مدت ها به چنین ایده ای فکر می کردند، با کمال میل به گروه پیوستند.
پس از گذشت تقریباً چهار ماه از اولین جلسه، تعداد اعضای گروه به حداقل قانونی هفت نفر رسید. سپس در حالی که روند جذب افراد بیشتر به گروه متوقف شد، کار و بحث در مورد منشور سازمان شت گرفت؛ نظرات در مورد اهداف و فعالیت های سازمان به اشتراک گذاشته شد؛ پیشنهادها و استدلال هایی در مورد نام و لوگو ارائه گردید؛ نظرات مختلف شنیده شد و مورد احترام قرار گرفت؛ و در نهایت، تمام تصامیم به روشی دموکراتیک اتخاذ گردید. این داستان بسیار مختصر در مورد چگونگی پیدایش انستیتوت باختر می باشد.
اما این تازه شروع کار است؛ این داستان در حال تکامل است و داستان توسعه انستیتوت هنوز در راه است.
